SameSpots - oprogramowanie do analizy obrazów żeli 2D
TotalLab Kontakt z doradcą
Zalety oprogramowania SameSpots
- Oszczędność czasu - typowy czas analizy trwa nie dłużej niż 5 minut
- Automatyczna analiza w większości przypadków nie wymaga edycji
- Skrupulatna statystyka - końcowe dane są kompletne (nie brak żadnych wartości)
- Gwarantowana odtwarzalność wyników pomiędzy laboratoriami
- Wbudowana kontrola jakości żelu
- Integracja z danymi identyfikacyjnymi białek
- Narzędzia edycji galerii zdjęć
- Powtarzalność wyników analizy 2DE, DIGE oraz wtórnie barwionych żeli - SameSpots Analysis Workflow
- Szybki i kompletny pomiar czy żel 2D spełnia wymagania jakościowe laboratorium - SpotCheck Gel QC Workflow
Szybkość uruchamiania wystarczającej ilości powtórzeń koniecznych do skonstruowania prawidłowych wniosków
Podejście analizy SameSpots, opracowane na podstawie osiowania, znacznie koryguje czas potrzebny na analizę żelu w porównaniu do tradycyjnych metod analitycznych. Typowy czas analizy żelu jest nie dłuższy jak 5 minut. Tak krótki czas analizy, umożliwia uruchomienie wystarczająco dużej liczy powtórzeń w eksperymencie, za czym idzie - możliwość kontrolowania zmienności biologicznej.
Różni użytkownicy - ten sam wynik
Przebieg analizy SameSpots został tak zaprojektowany, aby maksymalnie zminimalizować ingerencję użytkownika. Wysoki stopień automatyzacji poszczególnych procesów SameSpots gwarantuje otrzymywanie obiektywnych jak również powtarzalnych wyników dla tego samego obrazu przez różnych użytkowników.
100% dopasowania, brak luk w wartościach
Precyzja dopasowywania żelu w zakresie jego zniekształceń jak również położenia wszystkich śladów - dokładnie w tym samym miejscu. Detekcja spotów generuje kompletne dane, z których każda jest dopasowana do odpowiadającego mu spotu na każdym żelu. Otrzymane dane są pełne, nie występują braki w poszczególnych wartościach, co umożliwia prawidłową, wielowymiarową analizę statystyczną. Ujęte testy to: Anova p-value, False Discovery Rate (q-values), Principal Components Analysis (PCA), Correlation Analysis oraz Power Analysis.
Powtarzalność pomiędzy-laboratoryjna
SameSpots śmiało staje naprzeciw wyzwaniu, jakim jest powtarzalności między laboratoriami, dzięki czemu można mieć pewność, że uzyskane dane są rzeczywiste, a nie wynikają z metodyki analizy przyjętej w danym laboratorium.
Czy przebieg elektroforezy żelowej laboratorium jest powtarzalny?
SameSpots posiada zintegrowany system kontroli jakości QC workflow żelu znany jako SpotCheck. Umożliwia on szybki oraz obiektywny pomiar, czy żel 2D spełnia wymagania jakościowe laboratorium. Punktem odniesienia analizy jakości jest standard złota. Niezależnie od wyniku odpowiedź systemu jest natychmiastowa. Ocena każdego zdjęcia wizualizowana jest jako pełny obraz, znaczony kolorami, które pokazują które prążki przeszły test pozytywnie, a które nie.
Powiązanie identyfikatorów białkowych i danych punktowych, umożliwia wizualizację pełnego obrazu
SameSpots wspiera integrację identyfikacji białek opartą o bazę MS (z Mascot lub pliku .csv). Umożliwia to analizę wyników 2D w kontekście biologicznym - wizualizacja identyfikatorów białkowych w obrębie prążków z których wynikają. Można również skorzystać ze znaczników masy cząsteczkowej, którymi można zwalidować prawidłowość identyfikatorów.
Narzędzia do wizualizacji i wyświetlania danych pozwalają użytkownikowi na prace tylko z tymi fragmentami obrazu które są dla niego ważne
Podczas analizy można dodawać obrazy i tabele do galerii zdjęć, które następnie można wykorzystać podczas pisania publikacji, projektowania posterów czy prezentacji. Importowane obrazy są zapisywane jako pliki wysokiej rozdzielczości .png (300 dpi), idealne do druku, z możliwością dodania komentarza. Galerię można eksportować do pamięci według potrzeb użytkownika.
